Find transition states using Gaussian software: some tips

Here, I would like to summarize my past month's work about transition state searching with Gaussian program package.

1. QST2, QST3, and OPT(TS) are three good ways to identify TS structure. I personally prefer the OPT(TS) because it can generate the imaginary frequency as a criteria, while QST method can not. But in general it is really hard to find the TS structure with human guess and TS could be very sensitive to DFT functional, basis sets, guess structures, step size, etc. Anything wrong could give a big headache. So QST3 or QST2 is very useful for initial TS structure guess. And of course, after QST method you need run OPT-TS again to get imaginary frequency.

2. I like B3LYP/6-31+G* method. HF is good for an initial guess and fast calculation. But HF or BLYP (pure functional) can be totally wrong for TS guess, or totally miss the TS.

3. Sometimes you get imaginary frequency from OPT-TS, but be careful that you need run IRC reverse and forward calculations to confirm that this is a real TS structure. It could be totally wrong.

4. Some people suggested after you get multiple imaginary frequencies you could add the coordinate matrix of corresponding largest imaginary frequency multiplied by some factor (0.1-0.5) with the initial TS coordinate matrix. The new coordinate can be used to eliminate the imaginary frequency.

5. Final check for TS: After you run IRC forward and backward calculations, make sure that your TS energy is always the highest, i.e. if you draw energy profile pictures for both calculations, the energy curves should always go down. Otherwise, it may be something wrong. At this time, you should choose the highest peak point as initial guess for TS again.

6. If the electron spin multiplicity is not consistent before and after reactions, you have to specify two multiplicity values for OPT(TS). Also do the IRC testing too. 

 

如何养成良好的习惯-转载

习惯的力量是惊人的，习惯能载着你走向成功，也能驮着你滑向失败。

一个人一天的行为中，大约只有5%是属于非习惯性的，而剩下的95%的行为都是习惯性的。即便是打破常规的创新，最终可以演变成为习惯性的创新。?

　　根据行为心理学的研究结果：3周以上的重复会形成习惯；3个月以上的重复会形成稳定的习惯，即同一个动作，重复3周就会变成习惯性动作，形成稳定的习惯。?

亚里士多德说：“人的行为总是一再重复。因此，卓越不是单一的举动，而是习惯。”

换句话说，失败者总是失败，成功者总是成功是有道理的。

“播下一个行动，收获一种习惯；播下一种习惯，收获一种性格；播下一种性格，收获一种命运。” 

一个人成功的欲望再强烈，也会被不利于成功的习惯所撕碎，而溶入平庸的日常生活中。所以说，思想决定行为，行为形成习惯，习惯决定性格，性格决定命运。你要想成功，就一定要养成高效率的工作习惯。

确定你的工作习惯是否有效率，是否有利于成功，我觉得可以用这个标准来检验：即在检省自己工作的时候，你是否为未完成工作而感到忧虑，即有焦灼感。如果你 应该做的事情而没有做，或做而未做完，并经常为此而感到焦灼，那就证明你需要改变工作习惯，找到并养成一种高效率的工作习惯。?

　　高效工作从办公室开始：?
　　1)了解你每天的精力充沛期。通常人们在早晨9点左右工作效率最高，可以把最困难的工作放到这时来完成。?
　　2)每天集中一、两个小时来处理手头紧急的工作，不接电话、不开会、不受打扰。这样可以事半功倍。?
　　3)立刻回复重要的邮件，将不重要的丢弃。若任它们积累成堆，反而更费时间。
　　4)做个任务清单，将所有的项目和约定记在效率手册中。手头一定要带着效率手册以帮助自己按计划行事。一个人一天的行为中，大约只有5%是属于非习惯性的，而剩下的95%的行为都是习惯性的。
　　5)学会高效地利用零碎时间，用来读点东西或是构思一个文件，不要发呆或做白日梦。?
　　6)减少回电话的时间。如果你需要传递的只是一个信息，不妨发个手机短信。?
　　7)对可能打来的电话做到心中有数，这样在你接到所期待的电话后便可迅速找到所需要的各种材料，不必当时乱翻乱找。
　　8)学习上网高效搜寻的技能，以节省上网查询的时间。把你经常要浏览的网站收集起来以便随时找到。?
　　9)用国际互联网简化商业旅行的安排。多数饭店和航线可以网上查询和预订。?
　　10)只要情况允许就可委派别人分担工作。事必躬亲会使自己疲惫不堪，而且永远也做不完。不妨请同事帮忙，或让助手更努力地投入。?
　　11)做灵活的日程安排，当你需要时便可以忙中偷闲。例如，在中午加班，然后早一小时离开办公室去健身，或是每天工作10个小时，然后用星期五来赴约会、看医生。?
　　12)在离开办公室之前开列次日工作的清单，这样第二天早晨一来便可以全力以赴。

中国有句老话：“吃不穷，喝不穷，没有计划（好习惯）就受穷。”尽量按照自己的目标，有计划地做事，这样可以提高工作效率，快速实现目标。

幽默的好习惯?
　　有人说，男人需要幽默，就像女人需要一个漂亮的脸蛋一样重要。?
　　男人需要幽默，就像女人需要一个漂亮的脸蛋一样重要。美国第16任总统林肯长相丑陋，但他从不忌讳这一点，相反，他常常诙谐地拿自己的长相开玩笑。在 竞选总统时，他的对手攻击他两面三刀，搞阴谋诡计。林肯听了指着自己的脸说：“让公众来评判吧。如果我还有另一张脸的话，我会用现在这一张吗？”还有一 次，一个反对林肯的议员走到林肯跟前挖苦地问：“听说总统您是一位成功的自我设计者？”“不错，先生。”林肯点点头说，“不过我不明白，一个成功的设计 者，怎么会把自己设计成这副模样？”林肯就是这种幽默的方法，多次成功地化解了可能出现的尴尬和难堪场面。?
　　没有幽默的男人不一定就差，但懂得幽默的男人一定是一个优秀的人，懂得幽默的女人更是珍稀动物。
 
 经常做一件事就会形成习惯，而习惯的力量是难以抗拒的。但是人类还有一种潜藏的缓冲能力，也不容小觑。既然人有可能养成一种习惯，那肯定他也有能力改掉这种习惯。

凡事变成习惯就好做了
养成了好的习惯又有什么用呢?这里实际上还隐藏着人类本能的秘诀，当你每天都重复这些话的时候，它们很快就会成为你心灵的一部分。而最重要的是，它们还会溜进你的心灵，变成奇妙的源泉，永无止歇，为你创造环境，并做出让你自己都难以相信的事情。
当话语被你的心完全吸收的时候，每天早上，你会带着一种从来没有过的活力从梦里醒来。你觉得自己精力旺盛。你的热情高涨，你迎接新世界的欲望将会让你克服一切恐惧，你会比你想象中过得更快乐。
随后，你发现自己有了应付一切的办法。你惊奇地发现，你能轻松自如地运用这些方法。因为，任何方法只要经过了练习，就是熟能生巧，难的也变成容易的了。
所以，一个好习惯就养成了，当一种习惯经常反复地练习而逐渐变得容易的时候，你就会喜欢去做。而你一旦喜欢去做，你就愿意经常去做。这是人的天性。当你经常去做时，这就是你的习惯了。你也就是习惯的奴仆了。